Отвечаю по номеркам:
1. Разделение мыши в приложениях - очень сложная задача. То есть чтобы системная мышь и курсор в приложении были независимыми, да еще и опознавались как настоящие, поэтому о разделении речь не идет - такое даже компании-гиганты не все реализуют. Есть возможность запускать в виртуалке - тогда Вам и мышь раздельная, и фоновый режим - http://bescomblog.com/?p=4133
2. Скроллинг страницы и движения мышью - пока такие, как есть. Конечно, со временем буду алгоритмы допиливать, сейчас отрабатываю программу и нагружаю функционалом.
3. Ввод адреса в строке - нет, не отслеживается. Скоро надеюсь сделать переходы по внутр. ссылкам - ввод адреса станет менее актуальным.
4. Сочетание есть для остановки - Шифт + Альт + с
Но не на всех компах работает. Проще всего дождаться паузы и остановить из трея, паузы довольно большие.
5. Да, все процессы ADVor и firefox.exe закрываются, на это есть резоны.