Привет!
Денежные бонусы можно выразить в качестве премии.
По поводу учредителей, учредитель - это главный орган Общества, и он имеет свою долю в уставном капитале Общества. Акции выпускают только акционерные общества, если у Вас ООО не имеет статус АО, то к сожалению. акции вы не имеете права выпускать.
Ну, а если по существу, то полагаю, что имеет смысл утвердить положение о премировании, и в качестве бонуса выдавать премии.